Base de la nomenclature

Toute classification implique l’existence d’unités de base que l’on pourra par après grouper en unités supérieures ou subdiviser en unités inférieures. L’unité de base en Systématique est l’espèce. Aussi paradoxal que le fait puisse paraître, les systématiciens ne sont pas encore d’accord aujourd’hui, sur la définition exacte de l’espèce. Les entités concrètes existant sous nos yeux sont des individus, par exemple : un hêtre. Nous avons voulu faire abstraction de tous les hêtres et lui donner le nom scientifique de Fagus sylvatica. Cet exemple ne présente à première vue aucune difficulté‚ mais quand on sait que les hêtres ont différents types de feuilles suivant la forme (var. asplenifolia) et la couleur (var. purpurea), le doute commence à se répandre sur l’identité exacte de tous les individus de l’espèce. On a donc été amené à définir des critères de l’espèce permettant de décider si deux individus appartiennent ou non à la même entité. Le premier critère qui fut utilisé est un critère de similitude : tous les individus semblables appartiennent à la même espèce. Or deux individus ne sont jamais exactement semblables et que de plus il existe des formes intermédiaires entre des individus d’espèces différentes. Cette conception a d’ailleurs conduit à une pulvérisation des espèces par divers auteurs, comme Alexis Jordan par exemple, qui distinguait 200 « jordanons » ou espèces élémentaires à l’intérieur d’une seule espèce de Crucifères : Erophila verna (L.) Chevall. La découverte des lois de la génétique a permis d’ajouter à la similitude un second critère de fécondité, beaucoup plus précis et ne permettant plus que des exceptions assez rares. Des individus pouvant se féconder entre eux et se reproduire appartiennent tous à la même espèce. Des exceptions existent pourtant, attestées par les hybrides interspécifiques. D’autres critères ont été recherchés dans divers domaines tels que la biochimie, la palynologie, etc., mais aucun n’a pu obtenir l’unanimité ni résoudre complètement le problème. On doit actuellement se contenter de définitions grossières de l’espèce comme par exemple : Une collection d’individus semblables se transmettant cette similitude de génération en génération. D’autres critères de diagnostic ont été employés comme

• Le critère phytogénétique. L’espèce est « le plus petit agrégat de populations (sexué) ou de lignées (asexué) diagnostiqué par une combinaison unique d’états de caractères chez des individus comparables (Nixon & Wheeler, 1990).
• Le critère de généalogie. Il existe une exclusivité basale, c’est-à-dire une coalescence de gènes : les membres d’une même espèce sont plus proches entre eux que d’un autre groupe. La difficulté vient qu’il faut connaitre les ancêtres dans ce cas.
• Une approche pragmatique : toute espèce doit pouvoir être reconnue par un non spécialiste ! En combinant les caractères morphologiques, écologiques (milieux privilégiés), systèmes reproducteurs, flux de gènes, distribution géographique et biologie moléculaire …

Il existe cependant des crypto-espèces qui ne montrent aucune différence morphologique mais entre lesquelles il existe une barrière reproductive (par autogamie stricte par exemple). Ex : Asplenium nidus. Il existe également des micro-espèces ou agamo-espèces. Il s’agit de lignées introgressées, stabilisées par agamospermie (multiplication par graines sans fécondation et fusion de gamètes). Un ancêtre commun sexué est à la base de ce complexe de micro-espèces. Ex : Taraxacum spp., Rubus spp., Sorbus aucuparia …(Nybom 1986 ; Koltunow & Grossniklaus 2003). Certains auteurs à présent emploient la notion de syngameon c’est-à-dire d’unité d’interfertilité dans un groupe d’espèces qu’ils ne différencient plus. Il s’agit de complexes d’hybrides. Ex : le genre Dactylorhiza chez les Orchidées …. D’autres unités ont été conçues à partir de l’espèce, qui désignent les taxa à différents niveaux ou rangs (taxon = unité systématique d’un rang quelconque). Finalement en ce qui a trait à la structure fondamentale et le contenu du système de classification de Cronquist, les plantes à fleurs sont considérées comme une Division ou un Embranchement du Règne végétal, l’un des 15-20 taxa à ce niveau. L’embranchement Magnoliophyta inclut deux classes, les Magnoliopsida (Dicotylédones) et les Liliopsida (Monocotylédones).

Tous les niveaux de la hiérarchie peuvent inclure des sous-classes, ainsi on parlera de sous-espèces, ensuite de variétés et enfin de formes. Une variété au niveau botanique est un rang taxonomique entre la sous-espèce et la forme. Ce terme permet de regrouper un ensemble d’individus (une population) différant légèrement des autres individus conspécifiques, par un ou plusieurs caractères considérés comme mineurs, c’est-à-dire ne justifiant pas la création d’une nouvelle espèce, car ils possèdent par ailleurs tous les caractères diagnostiques entrant dans la définition de cette espèce. La notation « var. ». Un cultivar désigne une unité taxonomique sélectionnée par l’homme à des fins horticoles ou sylvicoles. Le cultivar est donc une variété cultivée. C’est un variant qui a été sélectionné et choisi, parfois depuis plusieurs millénaires, pour certaines de ses caractéristiques que l’on a voulu transmettre d’une génération à l’autre, par des méthodes telles que par reproduction végétative (clonage), cultures de « lignées pures », autofécondation, etc. Par exemple, les cultivars chez les poiriers, la notation s’indique Pyrus communis cv. Conférence.